| 姓 名：杨晓锋 职 称：副教授，硕士生导师，博士生导师 研究方向：合成生物学，蛋白质智能设计，蛋白与多肽药物， 电子邮箱：biyangxf@scut.edu.cn 办公地点：B6-406 实验室：B6-543 |
学术博士生：生物学
工程博士生：生物与医药
学术硕士生：生物学
专业硕士生：生物与医药
2005-2009 理学学士，生物技术专业，华南理工大学
2009-2014 理学博士，微生物学专业，华南理工大学
2015-2016 博士后，香港城市大学
2016-2017 助理研究员，华南理工大学
2017-至今 副教授，华南理工大学
本科生教学：讲授《合成生物学》、《生物化学》、《生物反应工程基础》
研究生教学：讲授《代谢工程与合成生物学》（原《发酵与代谢工程》）
本科生指导：以团队模式指导多名本科生，指导多项iGEM项目（获2019年金奖）、国家创新训练项目，合成生物学竞赛（蛋白设计全满贯：金奖、最佳亮度奖、最佳热稳定性奖），创办校级蛋白质智能设计竞赛（荧算未来）。指导本科生成立蛋白智能设计创新企业，获校级银奖。
科研兴趣：
长期聚焦于合成生物学的应用基础研究，关注人工智能+合成生物学驱动的绿色生物制造（两大“芯片”：工业菌株与工业酶）。在相关领域提出若干原创性方法，部分成果转化成立公司或在中粮集团等进行产业化应用测试。主要包括：
1）蛋白（酶）元件的智能挖掘与进化。整合多模态数据、深度学习算法、自动化技术，提出了DeepMine和DeepDE等先进深度学习框架，实质解决功能蛋白（酶）设计的核心问题，实现新型、高性能蛋白的高效发现与工程。
2）蛋白的高效制备与工程。发展颠覆性的高产、高纯蛋白制备技术，实质解决蛋白（多肽药物）制备的底层技术问题，实现无柱一步纯化。《麻省理工科技评论》封面报道，并赞誉为“兼具技术创新性与环境友好性的颠覆性方案”
3）基因线路与基因组的设计及育种应用。基于基因线路设计和基因组编辑与合成，提出了小RNA与分子伴侣偶联的抗逆育种新策略，实质解决微生物高产抗逆的核心问题，实现高版本的微生物细胞工厂的创制。
主要科研项目
[1].国家重点研发计划“绿色生物制造”专项，医用蛋白的绿色生物制造关键技术及应用，子课题负责人。
[2].国家重点研发计划“合成生物学”专项，抗逆基因回路设计合成与抗逆育种，项目骨干。
[3].广东省重点领域研发计划“绿色生物制造”专项，医用蛋白和多肽药物的绿色生物制造，课题负责人。
[4].国家自然科学基金（青年项目），解脂耶氏酵母合成β-紫罗兰酮的代谢调控研究，项目主持。
[5].广东省自然科学基金青年提升项目（优青），小RNA DsrA及其伴侣蛋白Hfq偶联的群体感应抗酸线路的合成与应用研究，项目主持。
[6].广州市科技菁英“领航”项目，数据与制备技术驱动的多肽药物创制新范式，项目主持。
主要学术兼职：
[1].中国生物工程学会青年工作委员会委员
[2].BioDesign Research 首届青年编委
[3].Frontiers in Bioengineering and Biotechnology杂志客座编辑
[4].广东省心血管药物研发企业重点实验室学术委员会委员
代表性论文
[1]. Huang Y, Zhang Y, Yang X*, Lin Z*: A high-performance protein preparation approach in a single column-free step. Trends in Biotechnology 2025, 43:476-487. (麻省理工科技评论封面报道)
[2]. Li X, Wang Q, Li J, Tang F, Yang X*, Lin Z*: An iterative deep learning-guided algorithm for directed protein evolution. iScience 2025, 28, 113324.
[3]. Zhang X, Yan X, Liu P, Huang H, Lin Z*, Yang X*: Toehold switch-based approach for engineering acid-tolerance modules to enhance production robustness of industrial E. coli strains at low pH. Microbial Biotechnology 2025, 18 (6), e70175.
[4]. Fu Y, Yu S, Li J, Lao Z, Yang X*, Lin Z*: DeepMineLys: Deep mining of phage lysins from human microbiome. Cell Reports 2024, 43:114583.
[5]. Xiang Y, Lao Z, Lin Z*, Yang X*: SpyFixer enables efficient site-specific immobilization for protein-protein interaction analysis and antibody purification. International Journal of Biological Macromolecules 2025, 287:138548. (受邀撰写bio-protocol)
[6]. Zheng Y, Lao Z, Liu R, Xu J, Guo L*, Lin Z*, Yang X*: Customizable click biochemistry strategy for the design and preparation of glucagon-like peptide-1 conjugates and coagonists. Bioconjugate Chemistry 2024, 35:693-702.
[7]. Yang X*, Yang J, Huang H, Yan X, Li X, Lin Z*: Achieving robust synthetic tolerance in industrial E. coli through negative auto-regulation of a DsrA-Hfq module. Synthetic and Systems Biotechnology 2024, 9:462-469.
[8]. Yang X*, Chen B, Lao Z, Xiang Y, Lin Z*: A Spy Chemistry-Based Method for Purification of Proteins with Authentic N-Termini. Catalysts 2024, 14:651.
[9]. Yan X, Bu A, Yuan Y, Zhang X, Lin Z*, Yang X*: Engineering quorum sensing-based genetic circuits enhances growth and productivity robustness of industrial E. coli at low pH. Microbial Cell Factories 2024, 23:256.
[10]. Wang J, Lu C, Shen X, He T, Lu D, Wang X, Zhang Y*, Lin Z*, Yang X*: Enhancing the stability of a novel D-allulose 3-epimerase from Ruminococcus sp. CAG55 by interface interaction engineering and terminally attached a self-assembling peptide. International Journal of Biological Macromolecules 2024, 269:131986.
[11]. Kuang Z, Yan X, Yuan Y, Wang R, Zhu H, Wang Y, Li J, Ye J, Yue H*, Yang X*: Advances in stress-tolerance elements for microbial cell factories. Synthetic and Systems Biotechnology 2024, 9:793-808.
[12]. Zeng G, Zheng Y, Xiang Y, Liu R, Yang X*, Lin Z*: A novel protein purification scheme based on salt inducible self-assembling peptides. Microbial Cell Factories 2023, 22:224.
[13]. Tang F, Ren M, Li X, Lin Z*, Yang X*: Generating novel and soluble class ii fructose-1,6-bisphosphate aldolase with ProteinGAN. Catalysts 2023, 13:1457.
[14]. Yao X, Liu P, Chen B, Wang X, Tao F, Lin Z*, Yang X*，Synthetic acid stress-tolerance modules improve growth robustness and lysine productivity of industrial Escherichia coli in fermentation at low pH. Microbial Cell Factories 2022, 21:68.
[15]. Lin Z*, Jing Y, Huang Y, Yang S, Chen S, Ou Y, Pistolozzi M, Yang X*, A cleavable self-aggregating tag scheme for the expression and purification of disulfide bonded proteins and peptides, Chemical Engineering Science 2022, 262:118052. (JCR Q2, 化工三大刊之一)
[16]. Li C*, Xiao Y, Sang Z, Yang Z, Xu T, Yang X*, Yan J*, Lin CSK*. Inhibition kinetics of bio-based succinic acid production by the yeast Yarrowia lipolytica, Chemical Engineering Journal 2022, 442: 136273
[17]. Chen S, Lu Y, Wang W, Hu Y, Wang J, Tang S, Lin CSK*, Yang X*, Efficient production of the β-ionone aroma compound from organic waste hydrolysates using an engineered Yarrowia lipolytica strain, Frontiers in Microbiology 2022, 13: 960558.
[18]. Lin Z*, Li J, Yan X, Yang J, Li X, Chen P, Yang X*, Engineering of the sRNA DsrA together with the sRNA chaperone Hfq enhances the acid tolerance of E. coli. Applied and Environmental Microbiology 2021, 87: e02923-20.
[19]. Lin Z*, Lin Q, Li J, Pistolozzi M, Zhao L, Yang X*, Ye Y*: Spy chemistry-enabled protein directional immobilization and protein purification. Biotechnology and Bioengineering 2020, 117:2923-2932. (封面文章)
[20]. Lu Y, Yang Q, Lin Z*, Yang X*: A modular pathway engineering strategy for the high-level production of β-ionone in Yarrowia lipolytica. Microbial Cell Factories 2020, 19:49.
参编著作、章节：
[1]. 杨晓锋，（2025）蛋白质类药物生产工艺，《生物工艺学》（第二版），秦宝福，科学出版社
[2]. Yang X, Lin Z, Jing Y, (2022) Cleavable self-aggregating tags (cSAT) for therapeutic peptide expression and purification, Methods in Molecular Biology, 2406: 131-143. （受邀）
[3]. Lin CSK, Kaur Guneet, Li C, Yang X. (2020) Waste valorisation: rethinking waste streams in a circular economy. Renewable Resource Series. John Wiley & Sons Limited, Chichester, UK. （共同主编）
[4]. Aude P, Yang X, Kwan TH, Christoforou E, Fokaides P, Lin CSK*. (2017) Techno-economic study and environmental assessment of food waste based biorefinery. Food Waste Reduction and Valorisation (Eds.). pp121-146, Springer, Cham
[5]. Li S*, Yang X. (2016) Biofuel production from food wastes. Handbook of Biofuels Production: Processes and Technologies (2Ed.). pp617-653. Woodhead Publishing, UK.
主要授权发明专利：
[1]. 一种双靶点受体激动剂融合蛋白及其应用，2025
[2]. 一种双肽受体激动剂及其制备方法与应用，2025
[3]. 酵母高温响应型合成启动子及其应用，2025
[4]. 一种内溶素 Lys009 及其工程改造和应用，2024
[5]. 抗酸表达盒及其在发酵有机酸中的应用，2024
[6]. α螺旋自组装短肽及其在蛋白质纯化中的应用，2023
[7]. 一种D-阿洛酮糖-3-差向异构酶活性聚集体及其制备方法与应用，2022
[8]. 一种高产β-紫罗兰酮基因工程菌及其构建方法和应用，2021
主要申请发明专利：
[1]. 一种SpyCatcher固定化突变体SpyFixer及其应用, PCT/CN2025/085566
[2]. Method for purifying protein, PCT/CN2024/116250
[3]. Purification method for recombinant proteins, PCT/CN2022/096574.（进入美国）
[4]. Carrier for immobilizing protein and preparation method therefor, PCT/CN2021/099144.
[5]. Production and purification method for polypeptide, PCT/CN2020/125054. （进入美国）
[6]. 一种酶活提高的PET水解酶突变体及其应用, 202510549830.8
[7]. 一种PET水解酶突变体及其制备方法和应用, 202510551835.4
[8]. 一类内溶素及其应用, 202311730625.4
[9]. 一种pH响应调控序列及其应用，2022114576069
[10]. 一种高鲁棒性的群体感应基因线路的构建及其应用，2022114268890
[11]. 一种包含盐度诱导自组装肽的融合蛋白及其在重组蛋白纯化中的应用，202211183922.1
[12]. 多肽的生产和纯化方法，202000071277.7
