中心依托华南理工大学建设其科研实体，中心主任黄少斌教授全权负责实验室的建设和管理工作。学术委员会由环境领域著名专家组成，主要任务是审议中心的目标、任务和研究方向，评议中心重大学术活动、年度工作等。研究队伍由固定人员和流动人员组成，通过这种动态管理模式，建立公平竞争与人员合理流动的机制，保证研究工作始终处于国际学术前沿和服务于国家需求。项目实施绩效的制度，并以人为本，以充分调动中心每个人的积极性和创造性为主要目标，鼓励开发具有自主知识产权的关键技术。以绩效评估为动力，每一年度对团队成员按照贡献程度进行评比，对取得突出贡献者，实行奖励。评比指标包括:具有自主知识产权的相关专利技术及实施；承担相关生态环境治理应用工程示范的工程项目；承担相关国家和广东省的重大科研项目；核心技术的论文表达等；以及相关的社会公益服务等。中心联合国际、国内有影响、有实力的科研机构开展学术活动，并为联合科研提供方便条件和优先支持。利用广东地方经济建设长期活跃的有利条件，进一步拓展服务企业与社会的奖励基金制度，在管理中逐步建立长效的激励机制，建立并稳定一支高水平的研究队伍。中心对于仪器设备管理与使用，将建立定点定位布置、开放预约使用、专人管理、严格交接的制度，借用和分散的设备采用定期查验制度，确保设备运行良好。