实验室实行平衡的开放制度，定期设立开放课题基金，吸引国内外高层次研究机构的优秀人才到重点实验室开展高水平的研究工作，增强重点实验室的科研水平和影响力，鼓励新思想、新方法及交叉学科发展，提倡严谨、求实、创新的学术风气。

实验室开放课题基金面向实验室内外从事应用基础与应用技术研究的大学、院校、研究所及企事业单位，研究方向与工业污染密切相关，涵盖实验室4个主要研究方向，学术委员会按照“公平竞争、择优支持”的原则对各申请进行评审，优先资助学术思想新颖、立论根据充分、研究目标明确、研究内容具体、研究方法与技术路线合理、在资助期限内可取得突出成果的研究项目，每个项目资助强度为2万元，研究期限为1-2年，项目结题要求至少发表一篇影响因子大于1.0的SCI期刊论文。