期刊《控制理论与应用》和《Control Theory and Technology》编辑部设在我院。两刊是教育部主管、由华南理工大学和中国科学院数学与系统科学研究院联合主办的全国学术刊物。主要报道在系统控制科学中具有新观念、新思想的理论研究成果及其在各个领域中，特别是在空天海洋、智能电网、先进制造等的应用研究成果，也重点关注新一代信息技术、高端装备、人工智能等新兴产业中技术开发、技术改造中的应用成果。

《控制理论与应用》是我国控制理论与应用领域最有影响力的学术期刊之一，期刊始终坚持以学术求生存，以质量求发展，作者遍布全国上百所高校和科研单位，在他们的支持下，年投稿量稳定上升。中文刊属于中国科学引文数据库首批统计源期刊，中文核心期刊，中英文刊均被美国《工程索引》（EI Compendex）、英国《科学文摘》（Inspec）、德国《数学文摘》、德国《数学文摘》、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》、SCOUPS、CSCD等国际检索系统收录。

中文刊通过基金委信息学部答辩获得期刊专项支持，并入选中国科协百篇优秀科技论文遴选计划；英文刊2021年进入ESCI收录；中英文刊均入选2021中国科协高质量期刊分级目录（本学科国际Top10-20），两刊分别获得2021年度广东省高质量期刊建设项目资助。

两刊一贯坚持“促进国内外学术交流，推动我国控制理论与应用技术的发展，为祖国社会主义建设服务”的宗旨，严格执行预审、外审、终审的编委负责制和同行评议机制，为控制科学与工程领域的广大专家学者提供了一个交流、学习、创新的平台。