根据学校2019年第7次校长办公会议有关精神，为保证“双一流”建设项目实际支出与批复预算相符，同时体现预算管理的灵活性，“双一流”建设项目中的科学研究类项目参考《华南理工大学科研项目预算及结余经费管理办法（2016年修订）》第九条规定，在总预算额度不变的情况下，通过财务管理系统对项目预算进行控制：
1.对专家咨询费、劳务费、差旅费、会议费、业务出国（境）费按批复预算额度进行上限控制；其中，差旅费、会议费和业务出国（境）费进行合并预算额度上限控制。
2.对设备购置费、维修费、材料费、其他支出等预算科目，学校财务管理系统按照单项科目上下不超过该科目核定预算的30%浮动。在规定浮动范围内的预算调整，由学校财务管理系统自动识别，无需“双一流”建设办公室审批。
3.对于超出项目单项科目预算浮动范围或是对项目科目间预算调整，应按规定履行相关调整程序。具体如下：
（1）对项目执行中因特殊情况确需调剂的内容，须经组织专家论证（至少五名正高级职称专家，不含项目负责人），并形成会议纪要作为佐证材料；
（2）拟调整新增单台套设备金额超过40万元及以上，需按华南理工大学申购大型仪器设备（单台套40万元及以上）论证流程进行论证；
（3）论证通过后项目负责人按要求填写“华南理工大学‘双一流’建设项目经费预算调整审批表”（以下简称“审批表”），并报所在单位审核，由单位负责人签字并加盖单位公章；
（4）原则上每年度只允许调整一次；
（5）学校“双一流”建设办公室审批，若审批通过则报财务处进行预算调整，未通过则不予调整。