高等教育研究所为华南理工大学直属机构，主要承担高等教育研究领域的教学与科研任务，现有教职工6人，现任所长为副校长彭新一，李伟刚担任常务副所长。本研究所学术力量雄厚，相关学者对高等教育学、管理学、比较教育学等领域进行了广泛的研究，其中，以高等工程教育为核心，结合我校的教育改革与发展实践的研究已获得丰硕成果，在我国理工科院校中处于先进水平。

本研究所设有“高等教育学”硕士点，该硕士点成立于2003年，开设该专业旨在通过进行高等教育领域的研究，为与本专业相关的教学、科研和管理岗位培养高级专门人才，并为大学的发展规划、教育政策的制定提供咨询和相关研究成果。现有在读硕士研究生18人。此外，本研究所还承担我校教师上岗前后的各类培训。