软物质科普:分子自组装的DNA折纸术
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软物质科普:分子自组装的DNA折纸术
发布时间:2019-10-08        浏览次数:186

作者:司自卫 (软物质研究院18级博士生)

指导:张 维 (软物质研究院特聘研究员)

  从蛋白质分子折叠,细胞膜形成,甚至于地球整个生物体系的构建,自组装无处不在。人类可以多大程度模仿生物系统的复杂性和功能性,一直吸引着无数科研工作者为之着迷。DNA是超分子自组装的典型,它具有编程性,稳定,通过编程设计,可以自组装成不同形状的聚集体。 

图1 DNA折纸术《笑脸》

  图1这些类似微信表情包里面的笑脸小黄人,尺度大小只有100nm,是利用DNA片段碱基互补原理,将特定位置修饰过的DNA片段放在溶液里搅拌,自然而然的形成设计的图案,这一过程被称为自组装。分子自组装是指分子在热力学平衡条件下,通过化学键自发组合形成结构稳定、复杂有序、具有某种特定功能的分子聚集体或超分子结构的过程。2006年,加州理工大学教授Othemund[1]首次提出了一种全新的DNA自组装方法---DNA折纸术(Origami),通过DNA长链和短链的共同折叠,构造出所需要的图形结构。同时还可以在短的DNA单链上添加茎环,在构造的二维形状表面上组合出各种特定的图案,这篇登上Nature杂志封面的论文也为他赢得了“DNA笑脸之父”的称号。

  DNA折纸术通过设计一系列过量的短DNA单链(称为订书钉链,Staples strand),把它们和一条长的DNA单链(脚手架链,scaffold chain)在一个试管里面混合。如图2所示,长链a是脚手架链,短链b是订书钉链。通过这种长链与可编程的短链在特定位置的互补,从而使脚手架链和订书钉链共同折叠出所需要的二维结构。

图2 DNA折纸术示意图

  随后的研究中,科研工作者将短链的编程设计工作交给计算机。目前,利用DNA折纸设计可以实现自由绘制形式的结构,只需告诉计算机输出我们所需的目标内容。通过计算机编程设计,科研工作者实现了三维结构DNA链段的自组装折叠形成更为精细的结构。麻省理工大学科研团队[2]运用新方法让DNA自己画出了世界上最小幅的《蒙娜丽莎的微笑》。

图3 DNA折纸术《蒙娜丽莎的微笑》

  上海交通大学Bio-X中心DNA计算机交叉团队,基于DNA折纸术原理构造了具有非对称性的图案[3],通过AFM成像可以观测到清晰的纳米级形状。

图4 DNA仿中国地图主体部分AFM图像

  该结构是首个通过DNA折纸术构建的非对称图形,克服了不对称图形带来的应力问题。该实验证明,运用DNA折纸术的方法,可以构造出非对称的复杂的二维形状。他们进一步推断DNA折纸术具有构造几乎任何复杂二维纳米级形状的能力。

  在Science创刊125周年的时候提出了目前科学界关注的125个问题,其中“化学自组装能达到何种程度”位列最重大的二十五个问题之一: How Far Can We Push Chemical Self-Assembly? [4], 这正是分子自组装的研究方向,人们已经不再满足于早年的研究小分子间非共价相互作用,而着眼于让所设计的分子能自发的多级组织成有序结构,实现所期望的功能。DNA折纸术为建立可编程图案的纳米结构提供了一条非常有前景的路线,为基于自下而上的纳米构造技术提供了新方法。所构建的图形相比传统的DNA自组装其复杂度可以高出数倍,且具有实验操作简单、流程化、反应速度快、条件要求低等优点,展现了DNA折纸术非凡的自组装能力。

参考文献:

1.Nature, 2006, 440, 297-302

2.Nature, 2017, 552, 67–71

3.Chinese Science Bulletin, 2006, 51, 2973—2976

4.Science, 2005,309, 95


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